三清山于1984年成立管理局，1996年3月撤消管理局成立风景区管理委员会；2006年，省人大常委会通过《江西省三清山风景名胜区管理条例》，上饶市政府依据《条例》将三清山管委会列为市政府派出机构，代表市政府对三清山风景区各项事务进行统一管理，行使行政管理和行政许可职能。三清山风景区下设国有独资“三清山旅游产业发展集团有限公司”，下辖三清乡和枫林办事处，15个行政村，辖区人口2.15万余人。

管委会下设纪律检查委员会（挂监察局、审计局牌子）、党政办公室（挂信访局牌子）、组织部（挂老干部局牌子）、宣传统战部（挂精神文明办公室牌子）、旅游局（挂外事旅游办公室牌子）、财政局（挂国有资产监督管理办公室、乡财局、采购办牌子）、景区管理局（挂环境保护局、风景资源保护局牌子）、规划局、林业局（挂园林局、森林防火办公室牌子）、经济发展局（挂发展改革委员会、物价局、统计局、农业局、水利局、扶贫办、招商局牌子）、社会发展局（挂文化局、广播电影电视剧、教育局、交通局、卫生局、武装部）、民政局、政法委员会（挂综合治理办公室牌子）、综合执法局、遗产管理局（挂地质公园管理局牌子）、人力资源和社会保障局、安全生产监督管理局（挂应急办牌子）、信息化管理办公室、人口与计划生育委员会、建设房产管理局等26个局室，配备县级干部15人（含集团公司4人，副调研员2人）。风景区机关现有在编干部306人（含行政编制90人，事业编制216人），其中科级干部90人（含5名副主任科员）。2、三清山风景区下设国有独资“三清山旅游产业发展集团有限公司”。3、三清山风景区管委会下辖三清乡和枫林办事处，15个行政村，配备在编干部79人（其中行政编制30人，事业编制49人），辖区人口2.15万余人。4、管委会下设驻山单位公安分局、交警大队、消防大队、国土资源分局、地税局、国税直属分局、工商局、质监分局、供电分公司、环山公路管理处、上饶银行三清山支行共11个。5、三清山风景区下设三清山医院、三清乡卫生院，配备事业编制人员24人。6、三清山风景区下设三清山中学、枫林小学、西坑小学，配备事业编制人员11人。